Dobrý den,
osobně doporučujeme vždy na samostatnou větev.

Vůbec netuším jakou výhodu to má přes skimmer. (kromě ušetření materiálu - méně trubek a ušetření 1 kulového ventilu.)
Naopak výhoda samostatné větve je ta, že filtrovat můžete ikdyž nemáte plný bazén a je to i bezpečnější z hlediska zavzdušnění čerpadla a filtru. Pak máte ještě plnou kontrolu čím a kolik filtrujete. U skimmeru je sice stavitelná zátka, ale ta pouze pouští výpust, když jí chcete přisávat vodu. Ve chvíli, kdy potřebujete vypustit bazén, tak musíte použít ponorné čerpadlo nebo hadici a dávat pozor, aby Vám neklesla voda.